Pese a ello, camiseta arsenal (www.lars7.com) y quizá por no disponer de tiempo suficiente para tan compleja reestructuración se implementaron en su lugar una serie de cambios que mejorasen el torneo. Tras ese tiempo Gorka Iraizoz volvió a la titularidad pero recayó durante el primer partido que jugó tras la lesión. Durante el transcurso de la temporada 2007/08 el guardameta titular Gorka Iraizoz sufrió una lesión que le impidió seguir jugando durante 3 meses, camiseta oficial de liverpool en los cuales se hizo cargo de la portería Dani Aranzubia. Antes de acabar la temporada el Athletic tuvo la oportunidad de resarcirse de la eliminación en UEFA tratando de ganar la semifinal de Copa del Rey para poder llegar a la final.
En cuanto a la Copa del Rey, tras eliminar al A. D. Alcorcón en dieciseisavos, el Athletic disputó los octavos de final contra el F. C. Barcelona. Disputó cuatro de los siete partidos (incluyendo la semifinal y final), siempre ingresando como suplente, y no marcó goles. El 11 de febrero, con el empate contra el West Bromwich Albion, el Chelsea de Mourinho llega a los 400 goles oficiales. En el verano de 2005 abandonaron el club Santi Ezquerro, que se fue al F. C. Barcelona tras finalizar su contrato, y Asier Del Horno, traspasado al Chelsea FC por 12 millones de euros.
15.20 h. Ya tenemos onces confirmados tanto del Chelsea como del Manchester City y, como podéis imaginaros por las fechas en que nos encontramos, que hay muchas novedades. En las temporadas 2005/06 y 2006/07 el Athletic pasó por uno de los peores momento de su historia, unos años que llegaron a ser calificados por sus aficionados como el «bienio negro». En la vuelta de dieciseisavos, el Athletic cayó de la forma más cruel, cayendo goleado por 4-0 y linchado berbalmente por los aficionados belgas, que durante todo el partido humillaron e insultaron a los jugadores vascos con cánticos fascistas. Durante la primera vuelta de la Liga, el Athletic se mantuvo entre el 7º y el 11º puesto, pero sin llegar a alcanzar los puestos que daban acceso a competición europea. Primera División de Argentina, según la clasificación histórica. El refuerzo más llamativo fue el de Javi Martínez, jugador de Osasuna B, por cuya contratación se pagaron seis millones de euros, a pesar de ser un jugador juvenil que nunca había jugado en Primera División.
En aquella temporada se estrenó el nuevo sistema de la Copa UEFA, que por primera vez incluía una liguilla. Para la nueva temporada el objetivo era claro; clasificarse para Europa y llegar lo más lejos posible en la Copa del Rey, como así confirmaron dos de los tres capitanes del equipo; Andoni Iraola y Pablo Orbaiz. Por el contrario, en enero de 2011 debutó otra nueva promesa, en este caso era un central de 22 años llamado Borja Ekiza, y al igual que Aurtenetxe, también se hizo con la titularidad absoluta desde el primer partido. Antes de iniciarse la pretemporada Lamikiz intentó renovar a Valverde pero este rechazó la oferta por desacuerdos y falta de entendimiento con la Junta Directiva de Lamikiz. Con este propósito, hizo una renovación profunda en la plantilla y el cuerpo técnico. El día del partido el Athletic se lo tomó como una final, al salir los jugadores al campo se mostró un mosaico rojiblanco en San Mamés, para animar mas si cabe al equipo.
Para afrontar la nueva temporada el Athletic fichó a Unai Expósito para reforzar el lateral derecho y se intentó fichar a Aitor Ocio, aunque tras la negativa del jugador finalmente llegó Josu Sarriegi, del Deportivo Alavés, como fichaje express. Otros jugadores destacados: Iñaki Lafuente, Mari Lacruz, Aitor Karanka, Javi González, Tiko, Julen Guerrero y Fernando Llorente. El presidente Fernando Lamikiz no volvió a aparecer en prensa prácticamente, los jugadores bajaron muchísimo su rendimiento y se hablaba de problemas en el vestuario. Enseguida la prensa arremetió contra el club y su gestión, acusándolo de profesionalismo por haber regalado un par de botas a cada uno de sus jugadores. En el mercado de invierno el Athletic fichó al veterano portero del Cádiz Club de Fútbol, Armando Ribeiro, quien llegaría a Bilbao con 37 años de edad para vivir una «segunda juventud» en el Athletic.