Además, logró hacerse con el título de Copa, que se disputó contra el F. C. Barcelona de Maradona, gracias a un gol de Endika. En las temporadas 1965-66 y 1966-67 el Athletic logró alcanzar la final de Copa, pero en ambas ocasiones salió derrotado; no fue hasta 1969 cuando el Athletic volvió a proclamarse campeón de Copa. En 1917, el Athletic Club de Madrid ya contaba con un escudo propio puramente madrileño, con la osa y el madroño, distinto del que lucía el Athletic Club y finalmente, en 1921, el equipo madrileño se desvincula del Athletic Club. El 14 de febrero, en la jornada 24 de La Liga, se disputó el partido contra el Celta de Vigo, con victoria a favor del FC Barcelona por 6-1, con goles de Messi, Suárez (3), Rakitić y Neymar. A pesar de esta desventaja, el Athletic logró el título de Copa al ganar por 2-0, con goles de Arieta y Mauri.
El Athletic acabó la temporada proclamándose campeón de liga por octava vez en su historia. Al año siguiente el club vasco jugó por segunda vez la Copa de Europa, siendo eliminado por el Liverpool de Ian Rush. El Athletic pidió que la final se jugase en terreno neutral, pero finalmente se jugó en Chamartín, campo del club madrileño. Poco después, el 1 de marzo de 1922, falleció a causa del tifus, cuando apenas contaba con 29 años de edad. Poco después, la carrera futbolística de Javier Clemente se vio truncada, debido a una entrada perpetrada por Marañón, jugador del C. E. Sabadell, de la cual “el rubio de Barakaldo” no logró recuperarse. El 20 de febrero de 1907, el Athletic Club de Madrid se inscribió en el Registro de Asociaciones, obteniendo una personalidad jurídica propia y diferenciada de la del Athletic Club, por lo dejó de ser una sucursal a nivel societario.
En 1911, al ser el vigente campeón, al club le correspondía organizar la siguiente edición de la Copa del Rey. El edificio serviría durante casi un siglo como sede del ayuntamiento de Orizaba. En enero de 2011, durante la presentación del plantel de ese año, Peñarol estrenó un nuevo himno, denominado «Campeón del Siglo» en honor a que fuera elegido como el Club Sudamericano del Siglo XX por parte de la IFFHS. Javier Clemente se hizo cargo del banquillo del Athletic en la temporada 1981-82. En esa temporada Andoni Zubizarreta logró la titularidad como meta del Athletic, en detrimento de Andoni Cedrún, hijo del ex-guardameta Carmelo Cedrún. Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid. La discusión terminó con varios expulsados por una reyerta empezada después de jugadores de Barcelona protestaran una falta grave por Marcelo sobre Fàbregas para ser una jugada muy peligrosa.
También es reconocido históricamente por ser un club de cantera y trabajar en la formación de jóvenes futbolistas, camiseta liverpool falsa siendo esta la principal fuente de abastecimiento de jugadores para el primer equipo. Su principal problema sigue estando en la salida de máquinas. 2-1 al F. C. Barcelona en el Hipódromo de la Castellana, en Madrid. Por entonces, el Athletic disputaban los partidos en las campas de Lamiaco, situado en los terrenos del hipódromo de la localidad vizcaína de Lejona. En la temporada 2002 jugó 27 de los 28 partidos de temporada regular del MetroStars. La década de los años ochenta comenzó con la retirada definitiva de la portería de José Ángel Iribar, habiendo jugado 620 partidos con el Athletic y 49 con la selección española.
Ambos equipos solían disputar partidos amistosos que cada vez iban teniendo más relevancia entre los aficionados vizcaínos, llegando a haber bastante rivalidad entre los dos equipos. La afición por el fútbol en Vizcaya había crecido sobremanera en los últimos años, y un cambio de campo se hacía cada vez más necesario. Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez. Un hito importante en la historia del Athletic, fue la final de Copa de 1958. En dicha ocasión, los “leones” se midieron al «Real Madrid de Di Stéfano», que llegaba siendo campeón de Liga y Copa de Europa. En 1922 llegó Fred Pentland, procedente del Racing de Santander, logrando dos Campeonatos Regionales (1923 y 1924) y la Copa de 1923 en tres temporadas. El 21 de agosto de ese mismo año, se procedió a su inauguración, con un partido amistoso entre el Athletic y el Racing Club de Irún, que terminó con el resultado de empate a un gol.