Su último partido por Premier League fue contra el Arsenal FC, que finalizó con empate 0-0, coronándose campeón de la misma. Su regreso se produjo el 7 de abril ingresando como sustituto en el empate 1:1 ante el Aston Villa. Debutó con el Liverpool contra el Wimbledon en mayo de 1997, al entrar como sustituto tras una lesión de Robbie Fowler y anotar un gol. Finalizó el campeonato con un total de veinte partidos disputados, y marcó solo un gol más, el 11 de mayo de 2014 ante el Newcastle United. Con el Brøndby también jugó dos partidos más, uno en la Copa de Dinamarca contra el F. C. Copenhague y otro en la Liga Europa de la UEFA ante el PAOK Salónica.
Durante su estancia en el Brøndby marcó un total de cinco goles en cuarenta y nueve encuentros, además obtuvo los campeonatos de la Superliga y la Copa de Dinamarca. Aun así fue marginado del equipo durante el resto del mes de agosto y parte del mes de septiembre. Durante el encuentro sufrió una fractura en sus costillas por lo que estuvo fuera de acción por más de un mes. No pudo estar presente durante los primeros encuentros de la temporada 2009-10 debido a una lesión en la espalda, por lo que en el mes de agosto fue sometido a una intervención quirúrgica, quedando fuera por seis semanas. Tras permanecer durante dos temporadas en el club danés fue transferido al Liverpool F. C. donde obtuvo tres títulos a nivel nacional (una FA Cup, una Community Shield y una Copa de la Liga de Inglaterra). Con la selección de fútbol de Dinamarca participó en la Copa Mundial de Fútbol de 2010. En 2005 fue elegido como el futbolista danés sub-21 del año, y en 2007 como el futbolista danés del año.
El 3 de septiembre de 2004, debutó con la selección sub-21 en un encuentro válido para las eliminatorias de la Eurocopa Sub-21 de 2006, ante la selección de Ucrania, arsenal camiseta 2020 que finalizó con marcador de 3:2 a favor de los daneses. A las dos semanas, Juan Soler como máximo accionista, destituye a Juan Villalonga por no estar de acuerdo en su idea de la ampliación de capital que este proponía. Desde la salida de Hodgson del club, Agger fue alienado como titular en la mayoría de encuentros incluyendo la victoria sobre el Chelsea por 1:0 el 6 de febrero. En dicha competición disputó doce encuentros y marcó un gol en la victoria por 1:0 sobre el Chelsea en las semifinales.
Hizo su regreso el 17 de octubre de 2009 en la victoria del Sunderland Association por 1:0 sobre el Liverpool. Casi cinco meses después marcó su primer gol de la temporada en victoria por 1:0 ante el Hull City. Su primer partido de la campaña 2013-14 lo disputó el 17 de agosto en la victoria por 1:0 sobre el Stoke City, Daniel ingresó como titular y jugó todo el partido. El 29 de octubre, jugó su partido número cien en la liga inglesa en la victoria por 2:0 sobre el West Bromwich. Hizo su primera aparición de la temporada 2012-13 el 18 de agosto en la derrota por 3:0 ante el West Bromwich Albion, concedió un penalti y además fue expulsado por cometer una falta sobre Shane Long.
Fue descartado para el resto de la temporada tras sufrir una lesión en la rodilla durante un encuentro contra el West Bromwich Albion el sábado 2 de abril. 5:3 al Sport Lisboa e Benfica de Portugal con un gol de Daniel en el encuentro de ida (el único que anotó durante la temporada). Fue su primer gol con el Liverpool desde 2010, cuando anotó ante el Benfica en la Europa League. 1:1 ante el Birmingham City en Anfield, en la vigésima cuarta fecha de la temporada 2005-06 de la Premier League. Otra de las grandes sorpresas ha sido Christian Atsu (Ada Foah, 1992), avanzado ghanés que milita en las filas del Bournemouth, un recién ascendido en la Premier.
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