En los dos partidos posteriores con Colo-Colo perdió el conjunto venezolano y en la peunultima fecha del grupo Caracas ganó nuevamente sobre River Plate, 3-1, en el Estadio General Santander en Cúcuta eliminando a los argentinos. El F. C. Barcelona se convirtió en el segundo equipo español en lograr los 5.500 goles en la hoy en día considerada como la máxima competición de clubes en España, denominada actualmente como LaLiga Santander por motivos de patrocinio. FA Cup por primera vez al vencer (luego de un empate 2-2 en cancha del Crystal Palace ante 110.820 espectadores) en el replay de la final, por tres goles a uno al Sheffield United en el Burnden Park.
Rafael Castellin se convertiría en el 4.º jugador del Caracas en conseguir el título de campeón goleador, al haber marcado 20 goles. Se ejecutaron 18 tiros desde el punto penal para decidir el partido 8-7 a favor del Porto y dar al club de su segundo y último título en esta competición. Después de Wolfsburgo, adquirió los servicios del bosnio Zvjezdan Misimović, el rendimiento de Edin fue notable en su segunda temporada. El portero suizo se marcha al Kortrijk belga como cedido hasta final de temporada. Caracas se convirtió hasta la fecha en el club más ganador del fútbol venezolano. En la temporada 2008-2009 Caracas ratifica su buen momento futbolístico al proclamarse campeón del Torneo Clausura 2009, dejando en el camino a Estudiantes de Mérida y a su eterno rival Deportivo Táchira.
Manuel Plasencia y logra ganar el Torneo Clausura. No pudo lograr el Torneo Clausura 2011 ya que en la última jornada perdió contra su rival principal, el Zamora Fútbol Club, quedando así de segundo lugar a tres puntos de diferencia con dicho equipo. En dicho torneo, el equipo evidenció nuevamente su tendencia a perder puntos con equipos inferiores en el papel, como Yaracuyanos y Caroní. Dicho equipo participó en la liga de veteranos, en torneos distritales y dos breves giras internacionales (Copa Triangular de Panamá y Copa El Emigrante de España) acumulando 350 victorias, 74 empates y 62 derrotas. Al final caen eliminados en cuartos de final frente a Chile por puntos desde el tiro penal luego de empatar a cero goles, Radamel se iría sin marca un gol en la Copa.
La directiva de la organización encargó a Noel Sanvicente para que siguiera llevando las riendas del equipo en la temporada 2002-2003, con buenos resultados de inmediato y Caracas ganó el Torneo Apertura sacándole 4 puntos al Deportivo Italchacao. Cuando se pensaba en la desaparición del Caracas FC, tras problemas económicos el equipo fue adquirido el 4 de octubre de 1989 por la Organización Deportiva Cocodrilos, iniciando la “Era Valentiner”, El precio de la cesión fue de Bs. Actualmente el equipo es administrado por la Organización Deportiva Cocodrilos desde el 4 de octubre de 1989 que también posee una filial en el baloncesto profesional de Venezuela, llamada Cocodrilos de Caracas.