A diferencia de las dos campañas anteriores, camiseta arsenal el equipo aliancista clasificó a la Copa Libertadores al ganar su grupo respectivo. Por favor ten en cuenta: El nombre del lider de grupo proporcionado en el momento de la compra deberá presentarse junto una identificación con foto (pasaporte, carné de conducir) para recoger las entradas. Alianza se encontraba en puestos de descenso, y las últimas fechas sirvieron para definir la suerte del elenco victoriano. Cienciano consiguió una victoria por la mínima diferencia en Cusco y Alianza lo derrotó 3:1 en Lima, lo que significó la corona número 22 en la historia del club. En lo que respecta a goles, Alianza Lima logró anotar en 33 oportunidades y tuvo la portería menos vencida, resaltando la figura del arquero íntimo George Forsyth que sólo recibió 13 anotaciones. El «Tanque» anotó en total 13 goles, lo siguió Wilmer Aguirre con 10. Al final de la primera parte del año, restaba una fecha y Alianza mantenía la ventaja de un punto sobre Sporting Cristal.
Los malos resultados continuaron bajo su dirección técnica, lo que desembarcó en la contratación del entrenador venezolano Richard Páez, quien dirigió a los blanquiazules hasta la fecha 23 del Torneo Clausura. Miguel Ángel Arrué siguió dirigiendo al equipo íntimo tanto en la pretemporada como en los primeros partidos del Torneo Apertura. Al llegar a dicha instancia, Alianza sólo logró el subcampeonato, pues cayó como visitante por 1:0 en el partido de vuelta frente a Universitario (previo 0:1 en la ida). El número de equipos participantes aumentó a 16 y la primera parte del torneo constó de 30 fechas en enfrentamiento directo ida y vuelta.
En el 2006, de la mano del entrenador uruguayo Gerardo Pelusso, Alianza Lima logró el Torneo Apertura. A esa altura ya era un rumor a voces la posible salida del entrenador uruguayo apenas terminara el torneo. Perdió el primer lugar de su grupo en la última fecha, pero accedió a octavos de final como el mejor segundo del torneo. Gerardo Pelusso fue el encargado de guiar a los blanquiazules en el Torneo Apertura de aquel año. Para la primera parte del año 2007 Alianza mantuvo el mismo Director Técnico. Remate fallado por Eden Hazard (Chelsea) remate con la derecha desde fuera del área muy cerca del palo derecho pero se marchó ligeramente desviado. Remate fallado por David Silva (Manchester City) remate con la izquierda desde fuera del área muy cerca del palo derecho pero se marchó ligeramente desviado.
El caso Roverano-Vera, terminó de hundir los intereses deportivos de Alianza en esa primera parte del año. Militó la mayoría de fechas en los últimos lugares de la tabla, por lo que Alianza buscó la manera de conseguir el título del siguiente año. Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano campeonó, por lo que Alianza volvió a jugar un nuevo Play Off, tal como en el año del centenario, frente al cuadro incaico. El 7 de enero de 2017, anotó un gol contra el Reading en la tercera ronda de la FA Cup para igualar a Bobby Charlton como máximo goleador histórico del Manchester United. Su máximo goleador en la temporada fue Flavio Maestri.