A comienzos del año 2003, en la víspera de un nuevo Torneo Apertura, camiseta alternativa manchester city Alianza decidió como veces anteriores apostar nuevamente a sus divisiones menores. Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano campeonó, por lo que Alianza volvió a jugar un nuevo Play Off, tal como en el año del centenario, camisetas de futbol replicas (lars7.com) frente al cuadro incaico. Se duele de la parte posterior del muslo. En el 2006, de la mano del entrenador uruguayo Gerardo Pelusso, Alianza Lima logró el Torneo Apertura. Gerardo Pelusso fue el encargado de guiar a los blanquiazules en el Torneo Apertura de aquel año.
Los malos resultados continuaron bajo su dirección técnica, lo que desembarcó en la contratación del entrenador venezolano Richard Páez, quien dirigió a los blanquiazules hasta la fecha 23 del Torneo Clausura. El rendimiento del equipo bajo la batuta de Valencia no mejoró mucho, logrando el 20% de los puntos en disputa. Wilmar Valencia fue contratado como entrenador por la nueva Comisión de Fútbol. Previamente a los partidos frente a Universitario de Deportes, Alianza Atlético de Sullana, Sporting Cristal y Cienciano, Wilmar Valencia puso su cargo a disposición. En los primeros partidos que dirigió Challe el rendimiento del equipo aliancista se mantuvo regular, 2 camiseta liverpool 2020 y luego vino un alza evidente al ganar los últimos cuatro partidos del campeonato. Para el Torneo Clausura se fue Jefferson Farfán al PSV Eindhoven holandés y Alianza sufrió una baja en su rendimiento. No obstante, por el bajo rendimiento y los magros resultados (antepenúltima posición con 9 puntos en ocho encuentros disputados), fue cesado del cargo el 30 de marzo.
El equipo mostró respuestas muy favorables, y se consolidó con el correr de las fechas bajo la dirección técnica de Gustavo Costas. Luego de jugadas catorce fechas del Apertura, con 15 puntos en la tabla de posiciones y ubicado en la séptima casilla, Insúa dimitió al puesto de Director Técnico de Alianza Lima. Para el Torneo Apertura 2005, el Manchester City Alianza contrató al entrenador argentino Rubén Darío Insúa. Y por tercera vez consecutiva, se coronó como el mejor jugador africano del año 2005, convirtiéndose en el jugador que en más ocasiones ha recibido el premio. La Comisión, decidió entonces designar como nuevo entrenador a Roberto Challe.
A esa altura ya era un rumor a voces la posible salida del entrenador uruguayo apenas terminara el torneo. Alianza Lima ganó el Torneo Apertura 2004, donde el resultado más importante fue la goleada por 5:0 al Sporting Cristal. El equipo inglés tuvo un mal desempeño en el primer tiempo y se fueron al descanso con un 2-0 a favor del local (resultado global de 3-0). Sin embargo, en el segundo tiempo el equipo mejoró el juego. Finalmente, luego de importantes victorias ante José Gálvez y Sporting Cristal en el estadio de Matute, Alianza logró la permanencia en la penúltima fecha, pues Sport Ancash empató 2:2 con Atlético Minero, resultado que le permitió continuar en Primera División.